中国烟草科学杂志文献阅读_利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析

利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析

蔡露; 杨欢; 王勇; 李廷轩; 陈光登四川农业大学资源学院; 成都611130; 西昌学院农业科学学院; 四川西昌615000; 四川省烟草公司凉山州公司; 四川西昌615000

摘要：研究烟草种质资源的遗传背景,为烟草种质资源的高效利用提供依据。采用GBS(genotyping-by-sequencing)技术,挖掘92份烟草种质资源的SNP位点,并进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,测序共获得了147.165 Gb数据,平均每个样本1.599 Gb,筛选后共获得93 685个高质量的SNP位点;不同地理来源烟草群体等位基因数(Na)为1.27~1.93,观测杂合度(Ho)变化范围为0.22~0.76,期望杂合度(He)为0.32~0.59,多态性位点数(PLN)范围为15 877~44 249,多态性位点比率(PPL)为26.61%~74.17%,遗传多样性指数(H)为0.19~0.52,遗传距离(GD)为?0.0148~0.3849。基于遗传距离的NJ聚类将材料划分为两个类群;群体遗传结构分析表明,本研究所用材料基于模型可划分为4个亚群。通过GBS技术得到的测序数据量较大且质量较高,群体多态性较高,整体遗传多样性偏低,群体结构划分与种质来源不完全相关。

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