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北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株全基因组序列分析

李伟红; 高志勇; 严寒秋; 刘白薇; 田祎; 贾蕾; 王全意 北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所北京市疾病预防控制中心; 100013

摘要：目的 对北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株进行全基因组序列扩增及进化分析,了解其基因遗传变异特征.方法 采用一步法反转录聚合酶链反应,对2017年北京发现的两株GⅡ.P16-GⅡ.2诺如病毒进行全基因组序列分段扩增及测序,利用DNAStar 7.0、BioEdit进行序列拼接,采用Mega 5.05软件以最大似然法构建进化树,采用SimPlot软件进行相似性分析,并分析其组织血型抗原结合位点及附近氨基酸变异情况.结果 全基因组及衣壳蛋白区进化树分析显示,北京市2017年发现的两株诺如病毒与其他2016-2017年出现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒单独形成一个分支.聚合酶区进化树分析显示,这两株病毒与其他2016-2017年的GⅡ.P16-GⅡ.2型、2015-2016年的GⅡ.P16-GⅡ.4 Sydney 2012型混合形成一个分支.与2016年以前的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒相比,衣壳蛋白区及聚合酶区序列进化树分析提示,GⅡ.P16-GⅡ.2 2016-2017与201 1年该型诺如病毒分离株进化距离更近.氨基酸序列比较发现,两株病毒组织血型抗原结合位点附近的氨基酸与其他该型别诺如病毒相比,各有一处点突变.结论 北京市2017年发现的两株诺如病毒经全基因分析证实为GⅡ.P16-GⅡ.2型重组株,并且有可能是从2011年发现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒进化而来.

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