山东工业大学学报杂志文献阅读_重建二倍体个体单体型的改进环基算法

重建二倍体个体单体型的改进环基算法

邬慧敏; 吴璟莉广西师范大学计算机科学与信息工程学院; 广西桂林541004; 广西师范大学广西多源信息挖掘与安全重点实验室; 广西桂林541004; 广西区域多源信息集成与智能处理协同创新中心; 广西桂林541004

摘要：Hap Compass算法是求解最少带权边删除模型（the minimum weighted edge removal,MWER）的有效启发式方法,该算法采用删除权值绝对值最小的边的方式消除冲突环基,当同时存在多条权值绝对值最小的边时,HapCompass随机选择删除边,导致求解方案的不确定性,降低重建效果。针对该问题,提出IHap Compass算法,改进去边规则,利用00 11 和01 10分型的片段支持差异数与总片段数之间的比值来确定删除边,对随机取值问题做出有效限定。此外,IHap Compass以单体型中0/1取值的概率为图中孤立点赋值,明确孤立点取值。采用真实单体型数据进行测试,结果表明,IHap Compass算法在各种参数设置下,均能获得较算法Hap Compass、DGS和Fast Hare更高的单体型重建率,具有较高的执行效率。该算法为求解二倍体个体单体型重建问题提供一定的参考。

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