西北农业学报杂志文献阅读_样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响

样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响

徐建峰; 容维中; 石福岳; 王燕燕; 董和; 高博; 张艳丽; 李振明甘肃省畜牧兽医研究所; 甘肃平凉744000; 平凉市农产品质量安全检测检验中心; 甘肃平凉744000; 宁县畜牧兽医局; 甘肃宁县745200

摘要：为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求。在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,SNPs检出率越高。综上,从PCR扩增质量、SNPs检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好。

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